İsabey İlkokulu, Selçuk'ta ilk kez 1894 yılında kale kapısı karşısında Bozkırlı Hoca Mehmet Efendi tarafından "Mahalle Mektebi" olarak açılmıştır. 1900 yılında köy camisinin yanındaki bir binaya taşınmıştır. 1928 yılında Milli Eğitim tarafından atanan bir öğretmen yönetiminde "Halk Evinde" ilk defa resmi ilkokul olarak hizmete açılmıştır. Daha sonra İzmir Valisi Kazım DİRLİK tarafından köy halkının da gayretleri ile 1931 yılında yeniden inşa edilmeye başlanan okul, 1934 yılında iki katlı, on derslikli olarak eğitim öğretime açılmıştır. Okulun araç ve gereçleri zamanın köy muhtarı Rıfat BARAN tarafından temin edilmiştir. Okulun açıldığı günlerde başöğretmenlik görevini Süleyman KAPLAN yürütmüş daha sonra başöğretmenlik görevine Cemal ÖZKAYNAK getirilmiştir.

Okul binasının depremlerden zarar görmesi sebebiyle 1966 yılında yeni bina yapılmıştır. "Merkez İlkokulu" adı ile faaliyet gösteren okul, ilçede başka ilkokul yapılması nedeniyle "Aydınoğulları İsa Bey" adına özel "İsabey İlkokulu" olarak değiştirilmiştir. 1992-1993 Eğitim Öğretim Yılının Eylül ayında "İlköğretim Okulu" uygulamasına geçildiğinden okulun adı "İsabey İlköğretim Okulu" olarak değiştirilmiştir.

2012-2013 Eğitim Öğretim Yılı döneminde 4+4+4 sistemiyle okul, ilkokul ve ortaokul şeklinde yeniden ayrılmış ancak aynı binada ikili eğitim uygulamasıyla eğitim öğretime devam etmektedir. 2018-2019 Eğitim Öğretim Yılında İsabey Ortaokulu'nun kapanmasıyla okulumuz normal eğitime geçmiştir.